1999年的高校扩招，标志着我国高等教育从“精英教育”开始向“大众化教育”的过渡。2016年，我国高等教育毛入学率从扩招前的不到10%跃升为42.7%。教育部部长陈宝生表示，到2020年，我国高等教育毛入学率将达50%。这意味着，我国将在两年内基本普及高等教育。
高等教育从精英向大众的普及，为本科毕业论文的争议埋下了伏笔。早在2004年，《中国青年报》就刊登了《本科毕业论文掺水严重能否取消》一文，引发了毕业论文存废的讨论。就本科生而言，他们大部分都没有强烈的学术追求亦没有接受过严格的论文写作训练，褪去了“天之骄子”的光环，毕业时面临着巨大的就业竞争压力，疲于实习、找工作，不会认真地对待毕业论文。《劳动报》此前的一份问卷调查显示：超过90%的本科生用不足30天完成论文，有47%的学生甚至只用了不足10天。
就校方而言，扩招让大学师生比严重失衡，难以实现精细化的教育。按教育部公布的《2016年全国教育事业发展统计公报》，我国普通高校生师比为17.07:1，在这种背景下，指导教师在毕业论文方面能够给学生提供的指导极为有限。加上我国大学培养都是“严进宽出”模式，极少会在毕业论文答辩时进行严格把关，这多重因素叠加使得本科毕业论文流于形式，很难产出高质量论文。
不仅如此，剽窃、代写、造假等学术不端行为在本科毕业论文中也屡见不鲜。但要成其为论文，除了语言准确、资料充分、论证合理、逻辑严密等基本要求外，最为关键的要求是对于研究问题有原创性结论，这一般需要经过系统的学术训练和严谨的调查研究才可能实现。将如此高的标准加诸全体本科毕业生并不现实。本科毕业论文制度在实践中偏离了设立初衷，也失去了其原有价值。建议取消，同时也建议取消本科论文查重，到硕士阶段再进行硕士论文查重最好不过。